Operační programy přeshraniční spolupráce se týkají vždy hraničních regionů NUTS III sousedících s regiony v jiném členském státu. Pro Českou republiku tak existuje operační program (OP) pro přeshraniční spolupráci s Polskem, Saskem, Bavorskem, Rakouskem a Slovenskem.
Operační program Meziregionální spolupráce je společný pro všechny členské státy EU a také Norsko a Švýcarsko. Také síťové programy ESPON 2013 a INTERACT II jsou určeny pro všechny členy EU.
Pro Operační program Nadnárodní spolupráce je EU rozdělena do několika zón, přičemž Česká republika patří do zóny Střední Evropa a OP Nadnárodní spolupráce tak sdílíme s Rakouskem, Polskem, částí Německa, Maďarskem, Slovinskem, Slovenskem, částí Itálie a z nečlenských zemí s částí Ukrajiny.
Pro operační programy přeshraniční a Nadnárodní spolupráce je pro Českou republiku z fondů EU vyčleněno 389 miliónů € (cca 11 mld. Kč). V případě ostatních programů cíle Evropské územní spolupráce tvoří rozpočet programu příspěvky z fondů EU a zúčastněných států. Rozpočet programů je pro všechny členské země společný a nejsou zde určeny alokace fondů EU pro jednotlivé státy. Z fondů EU je pro OP Meziregionální spolupráce vyčleněno 321,3 miliónů €, pro OP ESPON 2013 činí alokace z fondů 34 miliónů € a pro OP INTERACT II 34 milióny €.
