Administrace nesrovnalostí řeší „nesrovnalosti“ týkající se prostředků EU a národního spolufinancování z veřejných zdrojů.
Dle čl. 2 odst. 7 Nařízení 1083/2006, o obecných ustanoveních o Evropském fondu pro regionální rozvoj, Evropském sociálním fondu a Fondu soudržnosti je pojmem nesrovnalost označováno porušení právních předpisů Společenství v důsledku jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, které vede nebo by mohlo vést ke ztrátě v souhrnném rozpočtu Evropské unie, a to započtením neoprávněného výdaje do souhrnného rozpočtu.
Dle čl. 27 a následujících nařízení Komise (ES) č. 1828/2006, kterým se stanoví prováděcí pravidla k nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 o obecných ustanoveních týkajících se Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu a Fondu soudržnosti a k nařízení Rady č. 1080/2006 o Evropském fondu pro regionální rozvoj. (Oprava tohoto nařízení byla vyhlášena dne 15. února 2007 v Úředním věstníku EU, L 45/3). Nařízení zavádí následující definice:
- hospodářský subjekt - jakákoliv fyzická či právnická osoba a ostatní subjekty podílející se na provádění pomoci z fondů, s výjimkou členského státu při výkonu veřejných pravomocí;
- prvotní odhalení ve správním nebo soudním řízení - první písemné posouzení příslušného správního nebo soudního orgánu, ve kterém se na základě konkrétních zkušeností dospívá k závěru, že došlo k nesrovnalosti, aniž je tím dotčena možnost, že takový závěr může být podle průběhu správního nebo soudního řízení následně revidován či stažen;
- podezření na podvod – nesrovnalost zavdávající podnět k zahájení správního nebo soudního řízení na vnitrostátní úrovni s cílem určit, zda došlo k úmyslnému jednání a zejména, zda došlo k podvodu podle čl. 1 odst. 1 písm. a) Úmluvy o ochraně finančních zájmů Evropských společenství, vypracované na základě článku K. 3 Smlouvy o Evropské unii;
- úpadek - konkursní řízení ve smyslu čl. 2 písm. a) nařízení Rady ES č. 1346/2000.
ŘO hlásí nesrovnalosti v souladu s čl. 28 tohoto nařízení ve čtvrtletních intervalech.
Následující případy není třeba Evropské komisi sdělovat:
- případy, kdy k nesrovnalosti došlo pouze kvůli částečnému nebo celkovému selhání při provádění operace, která je součástí spolufinancovaného operačního programu, z důvodu úpadku příjemce;
- případy, na něž příjemce dobrovolně upozornil řídící orgán nebo certifikační orgán dříve, než jej některý z těchto orgánů sám zaznamenal, ať již před nebo po vyplacení příspěvku z veřejných zdrojů;
- případy zjištěné a opravené řídícím orgánem nebo certifikačním orgánem před vyplacením příspěvku z veřejných zdrojů příjemci a před zahrnutím daných výdajů do výkazu výdajů předloženého Komisi.
Oznámeny musí být:
- nesrovnalosti, ke kterým došlo před úpadkem a jakékoliv podezření na podvod;
- naléhavé případy nesrovnalostí podle čl. 29 oznamuje ŘO neprodleně.
V souladu s článkem 30 podává ŘO i zprávy o následných krocích – případech, kdy se nepodaří získat částky zpět.
Nesrovnalosti menšího rozsahu u částek menších než 10 tisíc EUR, které není třeba oznamovat v souladu s čl. 36 nařízení, předává ŘO oznámení pouze v případě, že si jej Evropská komise vyžádá.
Příjemce je povinen hlásit ŘO veškeré podezření na nesrovnalost, o které se v souvislosti s realizací projektu dozvěděl.
V průběhu šetření nesrovnalosti ze strany ŘO může ŘO rozhodnout o pozastavení plateb na dobu nezbytně nutnou k prošetření nesrovnalosti a za předpokladu, že je to shledáno za nezbytné k ochraně finančních zájmů ES.


