V průběhu realizace projektu může dojít k několika druhům kontrol projektu (dle zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole a zákona č. 552/1991 Sb., o státní kontrole). O kontrole předběžné, tzv. ex-ante, pojednává kapitola 3.3 Hodnocení žádostí splňujících formální náležitosti i kritéria přijatelnosti.

Dalšími možnými kontrolami jsou:

Kontroly průběžné, tzv. interim (administrativní nebo fyzická)

Mohou být prováděny pracovníky OIP na základě pověření ke kontrolám. Kontroly jsou příjemci oznamovány nejméně 48 hodin před započetím kontroly (v případě fyzické kontroly) společně s požadavky na doklady, které je třeba k těmto kontrolám připravit. V případě, že jsou na fyzické nebo administrativní kontrole přebírány jakékoliv doklady, pracovníci OIP vystaví příjemci Protokol o převzetí potvrzující tuto skutečnost. Kontrola porovnává skutečnou realizaci s plánem v podobě předložené žádosti. Z  kontrol na místě (fyzických) je vypracován protokol, se kterým bude příjemce seznámen. V rámci protokolu jsou řešena i případná nápravná opatření (např. faktury nejsou podrobně rozepsány, ke kontrole nebyly doloženy některé požadované dokumenty atd.). Opatření mohou být informativního charakteru, tzn. lze je do další kontroly odstranit, ale může se jednat i o závažné nedostatky, které mohou vést k předčasnému ukončení realizace projektu nebo vypovězení Smlouvy (např. pochybení ve výběrových řízeních).

Z provedených administrativních kontrol interim je vyhotoven zápis, za který je odpovědný vedoucí kontrolní skupiny nebo jiný pracovník ORP, který tím byl pověřen.

Průběžné kontroly mohou být prováděny bez žádosti o platbu nebo v souvislosti s předložením žádosti o platbu. Rozdíl je pouze v tom, že v případě kontroly s žádostí o platbu jsou kontrolovány výstupy projektu proti předloženým účetním dokladům, což v případě kontroly bez žádosti o platbu v mnoha případech není možné.

Fyzická kontrola interim proběhne u každého projektu alespoň jednou.

Kontrola následná, tzv. ex-post

Tato kontrola je prováděna po ukončení projektu a její součástí je kontrola naplňování monitorovacích indikátorů, ke kterým se příjemce podpory zavázal ve Smlouvě.

Kontrolovaný subjekt je povinen umožnit členům kontrolní skupiny vstup do objektů a na pozemky související s projektem.

Fyzická kontrola ex-post proběhne u každého projektu alespoň jednou.

Audit vzorků operací

Jedná se o audit reprezentativního vzorku projektů v průběhu programového období pro ověření vykázaných výdajů. Audit provádí útvar interního auditu ÚRR.

Kromě výše uvedených kontrol je možno provést tzv. monitorovací návštěvu, při které není vyžadována přítomnost příjemce ani předložení dokladů a jejímž účelem je monitoring projektu. Tato monitorovací návštěva nemusí být oznámena příjemci.

Práva příjemce jako kontrolované osoby:

• požadovat na kontrolorovi (kontrolní skupině) předložení písemného oprávnění ke kontrole (v případě monitorovací návštěvy toto oprávnění není vystavováno);
• požadovat na kontrolorovi (kontrolní skupině) předání zprávy o kontrole – protokol z fyzické kontroly;
• podat písemné námitky k protokolu, a to do lhůty minimálně 5 pracovních dnů (vedoucí kontrolní skupiny může lhůtu prodloužit) adresované na vedoucího kontrolní skupiny;
• být informována o termínu plánované kontroly minimálně 48 hodin předem, společně s požadavky na doklady, které je třeba k těmto kontrolám připravit;
• požadovat od kontrolorů potvrzení o případném převzetí dokladů;

Povinnosti kontrolované osoby:

• umožnit vstup do objektů, zařízení a provozů, na pozemky a do jiných svých prostor, pokud to souvisí s předmětem kontroly; nedotknutelnost obydlí je zaručena,
• předložit ve stanovených lhůtách originální doklady a další písemnosti, záznamy dat na paměťových médiích prostředků výpočetní techniky, jejich výpisy a zdrojové kódy programů, vzorky výrobků nebo jiného zboží,
• seznámit kontrolora s utajovanými informacemi v případě, že se prokáže osvědčením pro příslušný stupeň utajení těchto informací, vydaným podle zvláštního právního předpisu;
• poskytnout pravdivé a úplné informace o zjišťovaných a souvisejících skutečnostech,
• podat ve stanovené lhůtě případnou zprávu o odstranění zjištěných nedostatků,
• umožnit použití svých telekomunikačních zařízení v případě, kdy je jejich použití nezbytné pro zabezpečení kontroly.
• seznámit členy kontrolní skupiny s bezpečnostními předpisy, které se vztahují ke kontrolovaným objektům a které jsou tyto osoby povinny v průběhu kontroly dodržovat;
• předložit kontrolní skupině na vyžádání výsledky předchozích kontrol, které mají vztah k předmětu kontroly;
• předložit na vyžádání daňovou evidenci (pokud vede) v plném rozsahu (viz Smlouva);
• v případě obdržení kontrolního protokolu poštou, je příjemce povinen protokol do sedmi dnů od jeho doručení podepsaný odeslat doporučeně na ORP;
• příjemci musí v souladu s ustanovením nařízení Rady (ES) č.1083/2006 uchovávat veškeré doklady, Smlouvu včetně dodatků  a veškeré  účetní doklady týkající se poskytnuté finanční podpory, které souvisí s realizací projektu a jeho financováním (buď v originálu nebo ve verzích na obecně přijímaných nosičích dat, jejichž shoda s originálem je řádně ověřena) po dobu 10 let poté, kdy byla proplacena závěrečná platba v rámci programu ROP (pokud pro vybrané dokumenty a doklady stanoví předpisy ČR lhůtu delší než deset let, bude postupováno podle předpisů ČR). Na účetních dokladech musí být jednoznačně uvedeno registrační číslo a název projektu financovanému z ROP JV, ke kterému se doklady vztahují.