V průběhu realizace projektu dochází k několika druhům kontrol projektu. Kontrolu projektů zajišťuje Odbor implementace projektů (dále OIP) od převzetí projektové žádosti na pracovišti OIP až po ukončení projektu. Kontrola probíhá jak na administrativní úrovni, při které se vychází z údajů doložených v žádosti, monitorovacích hlášeních a zprávách atd., tak na úrovni fyzické kontroly přímo v místě realizace projektu či v sídle žadatele/příjemce.
Základní druhy kontrol
a) předběžná – EX-ANTE
b) průběžná – INTERIM
- Interim bez žádosti o platbu
- Interim se žádostí o platbu
c) následná – EX-POST
Administrativní kontrola spočívá v kontrole dokladů předložených žadatelem/příjemcem se žádostí o platbu, monitorovacím hlášení nebo zprávy a probíhá na pracovišti OIP.
Fyzická kontrola spočívá v kontrole na místě realizace projektu nebo v místě sídla žadatele/příjemce, tedy v porovnání skutečného stavu se stavem deklarovaným. Kontrola na místě obsahuje rovněž kontrolu dokladů. Kontrola je příjemci oznámena nejméně 48 hodin před započetím kontroly.
Monitorovací návštěva spočívá v monitoringu projektu, není při ní vyžadována přítomnost žadatele/příjemce ani předložení dokladů. Tato monitorovací návštěva nemusí být ohlášena.
Práva příjemce jako kontrolované osoby
V rámci kontrol pracovníci OIP kontrolují veškeré podklady, vyplňují jednotlivé kontrolní listy, zpracovávají zápisy z kontrol atd. Významnou změnou k 1. 9. 2012 je nutnost zapracování kontrolních listů, tzv. checklistů zpracovaných Evropskou komisí pro řídící kontrolu, veřejnou podporu, podporu malého rozsahu a veřejné zakázky. Tento systém bohužel vede k nárůstu administrativní zátěže řídícího orgánu. Jedná se o tyto druhy checklistů:
kontrolní list pro řídící kontrolu,
kontrolní list pro veřejnou podporu,
