Jiří Běhounek takové nařčení ve vztahu k Regionální radě Jihovýchod důrazně odmítá, ke stávající kauze řekl: „ jsem si naprosto jistý, že v naší regionální radě žádné korupční prostředí nebují, dotační systém je od počátku nastaven transparentně, je pravidelně mnoha českými i evropskými kontrolními orgány prověřován a řádně veden. Od počátku fungování programu v roce 2006 je prosazován princip otevřenosti jako základní hodnota úřadu. Důrazně odmítám jakékoliv spojování Jihovýchodu s probíhajícími korupčními kauzami.“
Rozdělování dotací z ROP Jihovýchod je pod dohledem mnoha nezávislých auditů a kontrol, systém byl několikrát hloubkově prověřen, úspěšně prošel všemi audity včetně auditu Evropské komise a Evropského účetního dvora a v rámci kontrol a auditů byly prověřovány i projekty nemocnic. ROP Jihovýchod patří k nejlépe a nejtransparentněji čerpajícím programům v ČR.
Například z auditu Evropského účetního dvora na ROP Jihovýchod neplynou pro Českou republiku žádné dodatečné náklady, tzn. žádné dotace nebudou hrazeny ze státního rozpočtu, na rozdíl například od OP Doprava, kde v případě kolínského mostu jeho cenu ve výši 1 miliardy korun zaplatí český stát.
Fakta o ROP Jihovýchod:
Na účty příjemců dotací z Regionálního operačního programu Jihovýchod bylo již proplaceno více než 10,5 miliardy korun. V Jihomoravském kraji a na Vysočině je k tomuto datu podpořeno 620 projektů, z nichž 441 bylo již dokončeno. Schváleny jsou dotace ve výši 15 miliard korun, což je 75 procent alokace evropského podílu programu.
